Государственным заказчиком Программы является Федеральное агентство по промышленности. Финансирование Программы за счет средств федерального бюджета осуществляется путем включения ее мероприятий в государственный оборонный заказ. Государственный заказчик Программы с учетом средств, выделяемых на реализацию Программы из различных источников финансирования, и предварительных результатов ее выполнения, уточняет мероприятия Программы, промежуточные сроки их реализации и объемы финансирования. Конкретные исполнители программных мероприятий определяются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации. Выполнение мероприятий Программы организациями осуществляется посредством заключения государственных контрактов между государственным заказчиком Программы и исполнителями.
Управление реализацией Программы и контроль за ее выполнением осуществляются в соответствии с порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Текущее управление реализацией Программы и обеспечение эффективного использования средств, выделяемых на ее выполнение, осуществляет государственный заказчик - Федеральное агентство по промышленности.
Экспертные проверки реализации Программы осуществляются Министерством экономического развития и торговли Российской Федерации с участием Министерства финансов Российской Федерации, Федерального агентства по промышленности и заинтересованных федеральных органов исполнительной власти.
При реализации государственной политики Российской Федерации в области химического разоружения взаимодействие федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления обеспечивает Государственная комиссия по химическому разоружению.