Ректор Университета избирается в порядке, определенном уставом Университета, и утверждается совместным решением государственных органов исполнительной власти в области образования Российской Федерации и Республики Армения.
Университету в решении поставленных задач оказывает содействие попечительский совет, в который могут входить представители органов государственной власти Российской Федерации и Республики Армения, предпринимательских, финансовых, научных и творческих кругов, средств массовой информации, общественных организаций. Деятельность попечительского совета регламентируется Положением, утверждаемым Министерством образования Российской Федерации и Министерством образования и науки Республики Армения.
(Абзац в редакции, введенной в действие с 18 сентября 2003 года Международным соглашением от 23 апреля 2003 года. - См. предыдущую редакцию)