Важнейшими направлениями остаются защита почв сельскохозяйственных земель от деградации, эрозии, дефляции, сохранение их плодородия в условиях возрастающей антропогенной нагрузки методами комплексной мелиорации, освоение и сельскохозяйственное использование мелиорированных земель, совершенствование использования мелиоративных систем, совершенствование техники и технологии мелиорации, выявление приоритетов в выборе видов и форм удобрений, доз, сроков и способов их внесения, а также управление режимами комплексной мелиорации, направленными на устойчивость земледелия и обеспечение социально-экономических, экологических требований и ресурсосбережения в зависимости от складывающихся условий на рынке потребления сельхозпродукции. Обязательными являются также требования обеспечения безопасности жизни и здоровья людей, а также охраны окружающей среды.
Программой предусматривается выполнение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ за счет средств федерального бюджета в размере 132,4 млн. рублей, в том числе в 2006 году - 40 млн. рублей, в 2007 году - 44 млн. рублей, в 2008 году - 48,4 млн. рублей.
К числу важнейших прикладных научно-технических задач следует отнести:
обоснование допустимых пределов антропогенной нагрузки и изменения состояния природных систем в различных почвенно-климатических зонах;
разработку методов оценки эколого-экономической эффективности комплексных мелиораций и систем ландшафтно-адаптивного землепользования, экономический механизм управления плодородием почв;
разработку оросительных систем нового поколения, включающих новые способы и технику орошения, замкнутые и полузамкнутые системы водооборота с использованием максимально очищенных коллекторно-дренажных и сточных вод;
разработку систем эксплуатации мелиоративных систем и сооружений различных форм собственности, обеспечивающих безопасность гидротехнических сооружений;
разработку рациональных систем борьбы с опустыниванием земель;
разработку схемы лесомелиоративного обустройства агросферы России с учетом ее зональных и ландшафтных особенностей, обеспечивающей сохранение и воспроизводство плодородия земель сельскохозяйственного назначения и экологическую безопасность в растениеводстве (в том числе на техногенно-загрязненных территориях);
разработку методики обследования почв в целях развития адаптивно-ландшафтных систем земледелия и агротехнологий;
разработку методических основ и экономического обоснования организации системы агрохимического обслуживания сельскохозяйственных товаропроизводителей;
разработку и испытание современных технологий и оборудования для массового многоэлементного анализа почв и растений с использованием автоанализаторов проточного типа, а также нового поколения ионометрических, спектральных и иных приборов, их метрологическую аттестацию и стандартизацию;
разработку биотехнологий для замены органических или минеральных удобрений, обеспечивающих производство экологически чистой продукции;
разработку ресурсосберегающих технологий и универсальных блочно-модульных конструкций машин для агролесомелиоративного обустройства ландшафтов. Для этого предлагается предусмотреть разработку нескольких экспериментальных проектов;
разработку предложений о районированных подходах к выращиванию наиболее ценных сельхозкультур для условий рынка и на этой основе разработку и создание экономической основы нормального функционирования сельхозпроизводства.