Основными направлениями сотрудничества являются:
совершенствование договорно-правовой базы сотрудничества в борьбе с незаконным оборотом наркотиков и прекурсоров;
разработка и реализация совместных программ и планов противодействия незаконному обороту наркотиков и прекурсоров;
осуществление согласованных мер для выполнения положений конвенций ООН, других международных договоров, направленных на борьбу с незаконным оборотом наркотиков и прекурсоров;
мониторинг, анализ и прогнозирование наркоситуации, разработка системы мер противодействия незаконному обороту наркотиков и прекурсоров;
изучение и оценка эффективности совместных усилий компетентных органов государств - участников СНГ в борьбе с незаконным оборотом наркотиков и прекурсоров, внедрение положительного опыта в практику их деятельности;
совершенствование приграничного сотрудничества в пресечении контрабанды наркотиков и прекурсоров, а также их незаконного транзита через территории государств - участников СНГ;
подготовка и переподготовка кадров и специалистов по вопросам борьбы с незаконным оборотом наркотиков и прекурсоров;
разработка, производство и поставка компетентным органам государств - участников СНГ специальных средств, техники и оборудования.