2.1. Учреждение осуществляет свою деятельность непосредственно и через входящие в его состав структурные подразделения (филиалы):
Республика Дагестан
Аграханский межрайонный отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 367000, Республика Дагестан, пос.Главный Сулак;
Кизлярский межрайонный отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 368800, Республика Дагестан, г.Кизляр, ул.Набережная, д.16;
Махачкалинский межрайонный отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 367000, Республика Дагестан, г.Махачкала, ул.Набережная, д.27;
Морской отдел по организации рыболовства
почтовый адрес: 368870, Республика Дагестан, с.Тарумовка, пл.Победы, д.26;
Южный межрайонный отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 368600, Республика Дагестан, г.Дербент;
Кабардино-Балкарская Республика
Отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства Кабардино-Балкарской Республики
почтовый адрес: 360000, Кабардино-Балкарская Республика, г.Нальчик, ул.Мечникова, д.130-а;
Республика Северная Осетия - Алания
Отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства Республики Северная Осетия - Алания
почтовый адрес: 363700, Республика Северная Осетия - Алания, г.Владикавказ, ул.Бородинская, д.2;
Чеченская Республика
Отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства Чеченской Республики
почтовый адрес: 364000, Чеченская Республика, г.Грозный.
В состав отделов входят наблюдательные ихтиологические станции и пункты, рыбоводно-мелиоративные станции и участки, экспедиции по водоустройству нерестилищ, станции и участки спортивного и любительского рыболовства.
2.2. Учреждение осуществляет координацию деятельности следующих учреждений по воспроизводству водных биологических ресурсов:
Республика Дагестан
Федеральное государственное учреждение "Дагестанский рыбоводный завод",