В Программе предусматриваются назначение руководителей Программы, организация консультативных советов при них, проведение систематического мониторинга независимой комплексной оценки выполнения Программы и при необходимости ее корректировки разработка соответствующих критериев и методик.
Основные направления и отдельные разделы Программы ежегодно будут корректироваться с учетом эпидемиологической обстановки, результатов научных исследований, проводимых в этой области, а также социально-экономического положения страны и развития международных связей.
Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются Государственным комитетом санитарно-эпидемиологического надзора Российской Федерации и Министерством здравоохранения и медицинской промышленности Российской Федерации. Текущее управление осуществляется дирекцией Программы, формируемой указанными федеральными органами исполнительной власти.