1. Управление Особой экономической зоной осуществляют уполномоченный орган и администрация.
2. Уполномоченный орган осуществляет взаимодействие с федеральными органами государственной власти в целях обеспечения функционирования Особой экономической зоны, а также координирует взаимодействие администрации с федеральными органами исполнительной власти по решению вопросов реализации специального правового режима Особой экономической зоны.
3. Администрация осуществляет следующие функции:
1) ведение единого реестра участников Особой экономической зоны (далее - реестр) в порядке и по форме, устанавливаемым уполномоченным органом;
2) рассмотрение заявлений и принятие решений о включении юридических лиц в реестр, а также об исключении юридических лиц из реестра в соответствии с положениями настоящего Федерального закона;
3) предоставление налоговым и таможенным органам сведений о внесении юридических лиц в реестр и об исключении юридических лиц из реестра;
4) осуществление контроля за соблюдением участниками условий инвестиционных деклараций;
5) утверждение изменений, вносимых участником в инвестиционную декларацию, и внесение их в реестр;
6) формирование предложений для включения в перечень категорий товаров, запрещенных к помещению под таможенный режим свободной таможенной зоны;
7) осуществление защиты интересов участников при решении вопросов по реализации инвестиционных проектов с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами государственной власти Калининградской области и органами местного самоуправления;
8) представление ежегодно, не позднее 1 июля года, следующего за отчетным, в уполномоченный орган отчета о результатах функционирования Особой экономической зоны;
9) выдача по требованию участников выписки из реестра.
4. Руководитель администрации назначается на должность и освобождается от должности главой администрации Калининградской области по согласованию с руководителем уполномоченного органа.