Финансирование Целевой программы будет осуществляться в пределах средств, предусматриваемых федеральным бюджетом Российской Федерации на соответствующий год, с учетом кредитных средств Международного банка реконструкции и развития, выделяемых в рамках проекта модернизации информационной системы таможенных органов Российской Федерации, а также средств, выделяемых на выполнение Федеральной целевой программы "Электронная Россия (2002-2010 годы)".
Основным фактором риска недостижения планируемых значений основных показателей эффективности деятельности таможенной службы является недостаточный (ниже запланированного) уровень финансирования таможенных органов Российской Федерации.