Сотрудничество Сторон осуществляется по следующим основным направлениям:
защита атмосферного воздуха от загрязнения;
исследование, рациональное использование, защита и охрана от загрязнения водных объектов;
защита окружающей среды от радиационного воздействия;
сохранение биологического разнообразия, разработка и осуществление проектов по изучению и спасению редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных и растений, их мест обитания;
охрана почв и рациональное использование земельных ресурсов;
охрана, защита и восстановление лесов и рациональное использование лесных ресурсов;
мониторинг окружающей среды, включая его организацию на приграничных территориях;
влияние загрязнения окружающей среды на климат;
улучшение окружающей среды в городах и других населенных пунктах;
правовое регулирование и управление в области охраны окружающей среды;
разработка экономических механизмов регулирования природопользования в целях рационального использования и охраны природных ресурсов;
экологическое воспитание и образование;
методические аспекты в решении проблем охраны окружающей среды, включая экологическую экспертизу, экологическое прогнозирование и проектирование;
разработка нормативов и нормативно-методической документации в области охраны окружающей среды;
регулирование трансграничного перемещения и размещения на приграничных территориях опасных отходов производства и потребления;
организация и осуществление государственного контроля в области рационального использования природных ресурсов и охраны окружающей среды;
создание и развитие системы особо охраняемых природных территорий для обеспечения сохранности уникальных и типичных экосистем, представляющих взаимный интерес и расположенных по обе стороны государственной границы Российской Федерации и Республики Казахстан;
организация и ведение мониторинга и прогнозирование экстремальных ситуаций с негативными экологическими последствиями;
реагирование на экстремальные ситуации природного и техногенного характера с негативными экологическими последствиями;
разработка порядка взаимодействия в условиях экстремальных ситуаций природного и техногенного характера и предупреждения вредных воздействий на окружающую среду;
совершенствование природоохранного законодательства;
осуществление совместной деятельности по стандартизации, метрологии и сертификации в области охраны окружающей среды и использования природных ресурсов;
информационный обмен в области охраны окружающей среды.