Медаль "За службу в таможенных органах" изготовлена: I степени - из нейзильбера, II степени - из нейзильбера, III степени - из томпака, имеет форму круга диаметром 32 мм с выпуклыми бортиками с обеих сторон. На лицевой стороне - рельефное изображение эмблемы ФТС России. На медали I степени щит в эмблеме залит зеленой силикатной эмалью.
На оборотной стороне надпись в четыре строки: "За службу в таможенных органах". Под надписью помещены цифры, определяющие количество лет службы: I степени - XX, II степени - XV, III степени - X. В нижней части оборотной стороны медали помещены две скрещенные лавровые ветви.
Медаль при помощи ушка и кольца соединяется с пятиугольной колодкой, обтянутой шелковой муаровой лентой зеленого цвета с белыми полосами по краям. Посредине ленты также белые полосы: для медали I степени - одна полоса, II степени - две полосы, III степени - три полосы. Ширина белых полос - 2 мм. Ширина ленты - 24 мм.