Закрепление достигнутых успехов в бюджетной политике невозможно обеспечить без решения ряда острых проблем.
Доходная база федерального бюджета в значительной степени формируется за счет добычи и экспорта сырьевых ресурсов. В связи с этим высока зависимость финансовой системы от внешнеэкономической конъюнктуры.
Налоговая система пока не в полной мере подстроена под цели обеспечения долговременного экономического роста и финансовой стабильности. Затянулись подготовка и принятие ряда глав Налогового кодекса Российской Федерации. Проблемой остается сложность налогового учета.
Существенные претензии имеются к качеству вносимых в Государственную Думу и принимаемых налоговых законов. Это приводит к необходимости внесения в них многочисленных поправок. Частота налоговых новаций и сроки принятия налоговых законов не позволяют ни предприятиям, ни налоговым органам заблаговременно подготовиться к их применению.
Распределение бюджетных ассигнований в основном осуществляется исходя из сложившихся ранее пропорций, без четкой увязки с результативностью бюджетных расходов.
Широкое распространение получила практика игнорирования конкурсного механизма закупки товаров и услуг для государственных нужд. Это происходит не только вследствие сложившихся инерционных подходов. Устарел и требует серьезной модернизации сам порядок государственных закупок.
Крайне низким остается удельный вес закрепленных на долгосрочной основе источников доходов региональных и местных бюджетов. Это снижает заинтересованность соответствующих органов власти в экономическом развитии вверенных им территорий.
Сохраняется неразграниченность расходных обязательств бюджетов разных уровней. Налицо недостаток полномочий региональных и местных органов власти по управлению общественными финансами. Широкое распространение получили "необеспеченные федеральные мандаты". Общий объем установленных законодательством расходных обязательств консолидированного бюджета Российской Федерации составляет 6,5 трлн.рублей, что почти в два раза превышает имеющиеся финансовые ресурсы.
В результате население теряет доверие к государству и принимаемым им законам, а органы власти разных уровней получают возможность перекладывать друг на друга ответственность за неэффективное выполнение своих функций, в том числе за популистские, финансово не обеспеченные решения.