17. ПДТК подотчетна Министру транспорта Российской Федерации. Председатель ПДТК периодически, но не реже одного раза в год заслушивается Министром транспорта Российской Федерации об итогах работы комиссии и реализации ее предложений и рекомендаций.
18. Итоги работы ПДТК отражаются в годовых отчетах Министерства о состоянии защиты государственной тайны.