Дальнейшее повышение качества бюджетной политики невозможно без решения ряда проблем.
Бюджетное законодательство пока не в полной мере отвечает современным требованиям. Сложившиеся механизмы и процедуры ограничивают возможности и институциональные стимулы повышения эффективности управления государственными финансами.
Остается низкой экономическая эффективность государственного сектора экономики. Он по-прежнему слишком велик и трудноуправляем. Значительная часть государственного имущества не используется для исполнения публичных полномочий. Сохраняются необоснованные ограничения на приватизацию отдельных видов государственного имущества.
Сложившаяся сеть бюджетополучателей не является оптимальной, что снижает эффективность использования средств федерального бюджета. Бюджетные ассигнования по-прежнему распределяются между бюджетными учреждениями вне зависимости от объема и качества предоставляемых услуг, их общественной полезности. Контроль со стороны государства за внебюджетной деятельностью федеральных учреждений и принимаемыми ими на себя обязательствами носит в основном формальный характер.
При формировании бюджета в малой степени используются программно-целевые методы. Действующие федеральные целевые программы в основной своей массе не являются эффективным инструментом структурных реформ.
Не урегулирована проблема обеспечения выполнения государственных обязательств по инвестиционным проектам и другим программам, продолжительность реализации которых превышает финансовый год. При формировании бюджета перечень таких обязательств каждый раз подвергается ревизии, часто на основе субъективных критериев.
Применяемые механизмы закупки товаров и услуг для государственных нужд зачастую не способствуют рациональному использованию бюджетных средств. Отвечающий современным реалиям закон о государственных закупках не принят.
До сих пор не выработаны эффективные механизмы, обеспечивающие реализацию права на получение доступной и качественной медицинской помощи для всех слоев населения, и в первую очередь для неработающих граждан. Формирование новой системы обязательного медицинского страхования задерживается.
Хотя общая налоговая нагрузка на предпринимательскую деятельность снизилась, для многих видов экономической деятельности она все еще неоправданно велика. В результате снижаются возможности для модернизации и диверсификации производства, создания новых рабочих мест.
Налоговая реформа пока в малой степени затрагивает вопросы налогового администрирования. Не произошло существенных сдвигов в упрощении налогового учета, улучшении взаимодействия налоговых органов с налогоплательщиками.