При диагностике КЭ (клещевого весенне-летнего энцефалита, клещевого энцефалита) правомерен клинико-эпидемиологический диагноз. Прежде всего необходимо учитывать пребывание больного в эндемичных районах, указания в анамнезе на посещение леса, факт присасывания клеща, соответствие сезона (активность клещей в весенне-летнем периоде для средне-европейских и восточных очагов и в весенне-летнем и летне-осеннем - для республик Прибалтики, УССР, БССР) и начала болезни, употребление сырого козьего молока.
Ранними диагностическими признаками болезни являются головная боль, нарастающая по своей интенсивности по мере повышения температуры, тошнота, рвота, бессонница, реже - сонливость, головокружение. Больные вялы, адинамичны, у них отмечается гиперемия зева, кожи лица, инъекция сосудов склер и конъюнктив. Иногда на коже, в месте присасывания клеща, отмечается эритема различных размеров. Позже отмечаются изменения нервной системы.