Природные очаги клещевого энцефалита широко распространены в лесной и лесостепной зонах на территории СССР (а также в Европе и Азии).
В разных частях ареала клещевого энцефалита его природные очаги отличаются по степени эпизоотической активности, что связано с особенностями зональных, региональных и местных природных условий. Уровень заболеваемости населения клещевым энцефалитом определяется, с одной стороны, эпизоотической активностью очагов, которая существенно меняется в разные годы под влиянием сложных биоценотических процессов, а с другой стороны - характером хозяйственно-бытовой деятельности населения, от которой зависят интенсивность и формы его контакта с природными очагами.
В природных очагах вирус клещевого энцефалита циркулирует по цепи: клещи - дикие позвоночные - клещи. Основное эпизоотологическое и эпидемиологическое (как источник заражения человека вирусом) значение имеют иксодовые клещи двух видов: таежный (клещ Ixodes persulcatus P. sch), распространенный в лесной зоне СССР от Прибалтики до Тихого океана, и европейский лесной клещ (Ixodes ricinus L.), восточная часть области распространения которого находится в Советском Союзе. Она занимает территорию лесной зоны от западных границ СССР примерно до среднего течения реки Волги. Таким образом, в пределах значительной части ареала клещевого энцефалита, расположенной на Европейской территории СССР, могут встречаться оба указанных вида переносчиков.
Развитие иксодовых клещей включает следующие последовательные фазы метаморфоза: яйцо, личинка, нимфа, имаго. Переход из одной фазы развития в другую (кроме перехода из фазы яйца), а также откладка яиц (т.е. начало новой генерации) происходит только после питания кровью позвоночных животных, главным образом млекопитающих и птиц. По ходу метаморфоза клещей осуществляется трансовариальная и трансфазовая передача вируса.
Люди заражаются клещевым энцефалитом чаще всего трансмиссивным путем, в результате присасывания голодных инфицированных взрослых клещей (реже нимф), которые вводят вирус со слюной при кровососании. Заражения обычно происходят вследствие укуса самок клещей, которые имеют длительный период кровососания и могут вводить значительные дозы вируса. Самцы присасываются на небольшой срок; хотя известны четко документированные случаи заболеваний после укуса, самцы клещей имеют меньшее эпидемиологическое значение. Клещи обычно нападают на людей во время посещения леса, но заражение может произойти и от клещей, занесенных из леса в жилые помещения на одежде, с цветами, а также домашними животными. Другой путь заражения - алиментарный, при употреблении в пищу сырого молока коз (реже коров), которое в данный момент содержит вирус, а также приготовленных из него продуктов. Отмечены случаи заболевания клещевым энцефалитом лиц, работавших с вирулентными штаммами вируса в лаборатории, при непосредственном внедрении вируса через мелкие повреждения кожи и слизистых в результате нарушения требований режима работы с возбудителем.
Больной человек не имеет эпидемиологического значения в распространении клещевого энцефалита и является тупиком инфекции.
В природе голодные активные клещи поднимаются по растениям (чаше всего на высоту до 1 м от земли) и принимают подстерегающую позу. Они нападают на проходящего человека, прицепляясь к одежде. Это может происходить как днем, так и ночью, причем не только при ясной, но и при дождливой погоде. Напавшие клещи обычно ползут наверх и стремятся проникнуть под одежду. Они могут прикрепляться к любой части тела, но чаще всего клещи присасываются к шее, в складках кожи в области пояса, в волосистых частях тела, в паху. С момента наползания клещей до их прикрепления обычно проходит некоторое время (примерно 1-2 часа). Важно иметь в виду, что клещи присасываются не только непосредственно в лесу. Если они остались на одежде или вещах, это может произойти по дороге из леса, в транспорте или уже дома, когда внимание и настороженность людей ослабевают. Нередки случаи присасывания клещей к спящим людям; при этом прикрепившихся клещей обычно долго не обнаруживают.
Момент прикрепления (укуса) клеща ощущается далеко не всегда. Это связано как с различной индивидуальной чувствительностью людей, так и с локализацией укуса. В целом укус клеща малочувствителен и часто остается незамеченным. На второй-третий день на поверхности тела вокруг присосавшегося клеша в большинстве случаев появляется гиперемия и возникает болезненное ощущение (местная реакция на укус). Прикрепившихся клещей, как правило, обнаруживают не позднее этого периода. До этого момента клещи отделяются от хозяина с трудом: полностью напитавшиеся особи отпадают самостоятельно.
При снятии, раздавливании клеща или расчесывании места укуса также может произойти заражение клещевым энцефалитом в результате втирания в кожу со слюной или тканями клеща возбудителя инфекции.
Для заболеваний клещевым энцефалитом характерна весенне-летняя сезонность, обусловленная периодом активности клещей, которая связана с региональными природно-географическими условиями и погодными условиями и видом переносчика. В очагах с основным переносчиком Ixodes persulcatus большинство заражений происходит весной и в первую половину лета, во время наибольшей сезонной численности взрослых клещей. Клещ Ixodes ricinus обычно имеет два сезонных пика активности: весной и в конце лета - начале осени. Соответственно, на значительной территории Европейской части нашей страны эти периоды наиболее опасны.
К заражению клещевым энцефалитом восприимчивы все люди, независимо от возраста и пола. Наибольшему риску заражения подвержены лица, работа которых связана с пребыванием в лесу: работники леспромхозов и лесхозов, геолого-разведочных партий, лесных баз отдыха, строители автомобильных и железных дорог, нефте- и газопроводов, линий электропередач, топографы, охотники и т.п., а также лица, прибывающие в эндемичные районы из благополучных по клещевому энцефалиту местностей. Заражения сельских жителей чаще всего происходят на хорошо обжитой территории, в радиусе 3-8 км от населенного пункта при посещении леса по хозяйственно-бытовым нуждам и во время отдыха (заготовка дров, сбор грибов, ягод, сенокос, охота, рыбалка, прогулка и т.д.). Горожане заражаются в пригородных лесах, лесопарках, на индивидуальных садово-огородных участках, а также на расстоянии десятков и сотен километров от городов.