Вирус клещевого энцефалита (КЭ) относится к роду флавивирусов, входящему в семейство Флавивириде. В настоящее время насчитывается около 60 флавивирусов, многие из которых наряду с вирусом клещевого энцефалита обладают патогенностью для человека. Несколько флавивирусов: клещевого энцефалита, омской геморрагической лихорадки, шотландского энцефалита овец, Лангат, Негиши, киасанурской лесной болезни, Повассан образуют комплекс КЭ, сформированный на основании тесных антигенных связей между этими агентами.
Вирус КЭ патогенен для ряда лабораторных и диких животных. Наибольшей чувствительностью обладают новорожденные и молодые белые мыши. После заражения в мозг, интраперитонеально, внутримышечно у этих животных развивается энцефалит, заканчивающийся гибелью животных. Из сельскохозяйственных животных наиболее восприимчивы к вирусу КЭ козы, менее восприимчивы овцы и коровы и слабо восприимчивы лошади. Вирус КЭ обладает цитопатогенным действием (ЦПД), вызывая цитопатические изменения в первичных и перевиваемых культурах клеток почек эмбриона свиньи (СПЭВ и ПЭС) и размножается без выраженного ЦПД во многих других клеточных культурах. В мозге инфицированных мышей и культуральной жидкости зараженных культур происходит накопление вируса КЭ и специфических вирусных антигенов: комплементсвязывающих, гемагглютинирующих, преципитирующих и др.
Вирус КЭ длительное время сохраняется при низких температурах (оптимальный режим - 60°С и ниже), хорошо переносит лиофилизацию, в высушенном состоянии сохраняется много лет, но быстро инактивируется при комнатной температуре. Кипячение убивает его через 2 минуты, а в горячем молоке при 60°С погибает через 20 минут.
Инактивирующим действием обладают также формалин, фенол, спирт и другие дезинфицирующие вещества, ультрафиолетовое излучение.