Финансирование мероприятий Программы осуществляется в пределах средств, предусматриваемых федеральным бюджетом на соответствующий год, с учетом кредитных средств Международного банка реконструкции и развития, выделяемых в рамках проекта модернизации информационной системы таможенных органов Российской Федерации, а также средств, выделяемых на выполнение Федеральной целевой программы "Электронная Россия (2002-2010 годы)".