Важнейшим фактором эффективности работы правоохранительных органов является организация системного противодействия угрозам экономической безопасности государства, разработка стратегии и тактики противодействия криминальным проявлениям, координация усилий всех правоохранительных органов и обеспечение их взаимодействия путем существенного расширения информационных ресурсов.
Среди первоочередных организационных и практических мер, направленных на активизацию работы по выявлению, пресечению и предупреждению таможенных правонарушений, является укрепление взаимодействия с подразделениями МВД России, ФСБ России, Госнаркоконтроля России и Генеральной прокуратуры Российской Федерации.
Повышение эффективности использования оперативных сил и средств правоохранительных подразделений таможенных органов, налаживание эффективного взаимодействия с правоохранительными подразделениями таможенных служб других государств обеспечит совершенствование работы по добыванию упреждающей оперативной информации о возможной контрабанде товаров через таможенную границу Российской Федерации.
В целях противодействия незаконному перемещению наркотических средств и психотропных веществ через Государственную границу Российской Федерации предполагается шире использовать возможности международного сотрудничества и взаимодействия, технические возможности правоохранительной сети ВТО "CEN" и "RILO-Москва" - регионального узла связи по правоохранительной работе Всемирной таможенной организации по государствам - участникам СНГ.
Повышение эффективности борьбы с правонарушениями в сфере внешнеэкономической деятельности, соблюдение законности и обоснованности принимаемых должностными лицами таможенных органов решений в процессе привлечения лиц к уголовной либо административной ответственности остаются приоритетными задачами в деятельности таможенных органов Российской Федерации.
За последнее время увеличилось число попыток внедрения в таможенные органы Российской Федерации членов организованных преступных групп и преступных сообществ, имеющих межрегиональные и международные связи и оснащенных современными техническими средствами и оружием. В этих условиях особенно актуальны обеспечение безопасности деятельности таможенных органов Российской Федерации и защиты должностных лиц от противоправных посягательств, в связи с исполнением ими служебных обязанностей, а также осуществление оперативно-разыскных мероприятий по выявлению фактов коррупции и ее предупреждению в таможенных органах.
В связи с изменением уголовно-процессуального и административного законодательства и в соответствии с новыми требованиями, предъявляемыми к правоохранительной деятельности таможенных органов, особое внимание будет уделяться единообразному применению положений Кодекса об административных правонарушениях Российской Федерации и Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации, повышению раскрываемости таможенных правонарушений и преступлений в таможенной сфере, дальнейшей автоматизации информационного обеспечения правоохранительной деятельности, участию таможенных органов, в рамках их компетенции в осуществлении межведомственных мероприятий, профилактике и предупреждению развития криминогенных тенденций во внешнеэкономической сфере.