Центральная таможенная лаборатория обслуживает все регионы Российской Федерации.
Западно-Сибирская таможенная лаборатория обслуживает регион, находящийся под оперативным руководством Западно-Сибирского таможенного управления.
Северо-Кавказская таможенная лаборатория обслуживает регион, находящийся под оперативным руководством Северо-Кавказского таможенного управления.
Северо-Западная таможенная лаборатория обслуживает регион, находящийся под оперативным руководством Северо-Западного таможенного управления.
Дальневосточная таможенная лаборатория обслуживает регион, находящийся под оперативным руководством Дальневосточного таможенного управления.