Основными источниками финансирования программы являются:
федеральный бюджет;
бюджет Московской области;
бюджет г.Фрязино;
внебюджетные источники.
Объемы финансирования программы определяются при формировании бюджетов соответствующих уровней на очередной финансовый год исходя из концепции межбюджетных отношений и из налоговых доходов, полученных на территории наукограда Российской Федерации и поступивших в соответствующий бюджет в предыдущем году.