Программа включает в себя шесть следующих подпрограмм:
подпрограмма "Инновационное развитие научно-производственного комплекса";
подпрограмма "Развитие инфраструктуры инновационной деятельности, реализация инновационных проектов";
подпрограмма "Создание благоприятных условий для привлечения инвестиций и развитие научно-производственных организаций";
подпрограмма "Создание единой информационной среды наукограда";
подпрограмма "Подготовка кадров";
подпрограмма "Реализация программ социально-экономического развития города".