Основные программные мероприятия реализуются в период 2003-2007 годов.
На первом этапе выполнения программы (2003 год) предусмотрено формирование органов управления программой, создание инфраструктуры, обеспечивающей ее выполнение, завершение работы по формированию организационно-правовых, экономических механизмов осуществления программы, начало реализации отдельных проектов программы.
На втором этапе (2004-2006 годы) будут проводиться основные мероприятия программы и создаваться условия для достижения устойчивого социально-экономического развития города.
На третьем этапе (2007 год) предусматривается завершение выполнения мероприятий программы, оценка результатов, разработка и утверждение программы развития наукограда на последующий период.