В компетенцию Комиссии входят:
координация деятельности и рассмотрение результатов работы по выполнению настоящего Соглашения;
организация разработки и согласование проектов межгосударственных программ и проектов использования, восстановления и охраны трансграничных водных объектов, включая меры по привлечению финансовых ресурсов, необходимых для осуществления планируемых мероприятий;
организация разработки скоординированных или совместных программ мониторинга состояния трансграничных водных объектов, включая применение согласованных методик, систем измерения, процедур обработки и оценки данных;
организация разработки единых целевых показателей и критериев качества воды, учета точечных и диффузных источников загрязнения и контроля за ними, а также подготовки предложений о мерах по поддержанию или улучшению существующего качества воды, включая планы по снижению антропогенной нагрузки;
разработка предложений по совершенствованию нормативных правовых актов государств Сторон, касающихся трансграничных водных объектов;
организация обмена текущей и оперативной информацией о состоянии трансграничных водных объектов с использованием совместных информационных систем;
определение порядка совместных действий в чрезвычайных ситуациях;
информирование общественности о состоянии трансграничных водных объектов;
содействие в урегулировании спорных вопросов, связанных с использованием и охраной трансграничных водных объектов;
сотрудничество с другими комиссиями, международными и национальными организациями в решении вопросов рационального использования и охраны трансграничных водных объектов, включая привлечение этих организаций для оказания услуг, связанных с достижением целей настоящего Соглашения;
иные вопросы, касающиеся охраны и рационального использования трансграничных водных объектов.