Основными задачами Межрегиональной инспекции являются:
2.1. Обеспечение и организация взаимодействия Министерства с полномочным представителем Президента Российской Федерации в федеральном округе по вопросам, отнесенным к его компетенции, и органами исполнительной и представительной власти субъектов Российской Федерации, входящих в состав федерального округа.
2.2. Контроль за соблюдением на территории соответствующего федерального округа законодательства о налогах и сборах и принятых в соответствии с ним нормативных правовых актов, правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующие бюджеты и государственные внебюджетные фонды налогов и сборов.
2.3. Проведение в федеральном округе в пределах своей компетенции по решению и в порядке, определенном МНС России, комплексных и тематических проверок управлений МНС России по субъектам Российской Федерации.
2.4. Осуществление в федеральном округе в пределах своей компетенции по решению и в порядке, определенном МНС России, финансового контроля за деятельностью управлений МНС России по субъектам Российской Федерации и федеральных государственных унитарных предприятий и учреждений, находящихся в ведении Министерства.
2.5. Участие в разработке методологии организации и проведения проверок налоговых органов по осуществлению ими налогового администрирования, организации и проведения проверок финансово-хозяйственной деятельности управлений МНС России по субъектам Российской Федерации и федеральных государственных унитарных предприятий и учреждений, находящихся в ведении Министерства.
2.6. По решению Министерства проведение выездных (повторных выездных) налоговых проверок, а также участие в выездных (повторных выездных) налоговых проверках, назначаемых налоговыми органами, входящими в данный федеральный округ, либо Министерством.
2.7. На Межрегиональную инспекцию могут быть возложены иные задачи в соответствии с законодательством Российской Федерации.