Проектирование, создание и эксплуатацию Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды финансируют МПР России, заинтересованные федеральные министерства и ведомства, субъекты Российской Федерации, предприятия, организации и институты, занимающиеся изучением и использованием природных ресурсов, за счет средств:
федерального бюджета;
бюджетов субъектов Российской Федерации;
внебюджетных фондов, создаваемых за счет платежей природопользователей и иных поступлений;
коммерческих и других негосударственных структур и природопользователей, а также российских и международных фондов, проектов, грантов и др.
Состав мероприятий, сроки их осуществления и объемы финансирования определяются программой работ по созданию и развитию Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды.