Система имеет иерархическую многоуровневую структуру:
уровень организаций, формирующих исходную информацию, представлен информационными службами, архивами (фондами), системами мониторинга организаций-производителей природоресурсной и экологической информации, занимающихся изучением и использованием природных ресурсов (объектов), независимо от ведомственной подчиненности и форм собственности;
территориальный уровень представлен территориальными и региональными/бассейновыми фондами информации (для Государственной водной службы) по природопользованию и охране окружающей среды, находящимися в ведении территориальных органов МПР России или иных федеральных органов управления природными ресурсами на уровне субъектов Российской Федерации и федеральных округов, информационными службами (центрами, системами), находящимися в ведении субъектов Российской Федерации;
федеральный уровень представлен Российским фондом информации по природным ресурсам и охране окружающей среды МПР России, фондами информации государственных служб в составе МПР России (инфотеки МПР России), Ситуационным центром МПР России, Центральным бюро информации МПР России, обеспечивающими интеграцию информационных ресурсов в Единую информационно-аналитическую систему природопользования и охраны окружающей среды, специализированными информационно-аналитическими системами и центрами иных федеральных органов исполнительной власти, обеспечивающими формирование и ведение банков данных федерального значения.
МПР России для координации работ по созданию и развитию Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды образует по согласованию с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, а также органами власти субъектов Российской Федерации Координационный совет и утверждает Положение о нем, а также разрабатывает программу создания Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды на период 2003-2010 годов.