Основными принципами создания Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды являются:
создание и разработка должны проводиться с использованием средств и технологий обработки информации на основе соответствующих государственных стандартов;
межведомственный характер Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды, обусловленный местом МПР России в структуре органов федеральной власти и управления;
учет и сбалансированность интересов Российской Федерации в целом, ее субъектов и территорий, производителей, владельцев и пользователей природно-ресурсной и природоохранной информации;
открытость Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды, ее взаимодействие и информационный обмен с отечественными (федеральными, ведомственными, региональными и др.) и зарубежными природно-ресурсными и экологическими информационными системами и банками данных;
преемственность и управляемость перехода от действующей системы сбора и хранения природно-ресурсной и природоохранной информации в федеральных и территориальных фондах (центрах), в архивах и хранилищах подведомственных и других организаций к информационной компьютерной системе, базирующейся на современных информационных технологиях и программно-технических средствах;
использование научных и практических результатов ранее выполненных работ по созданию систем мониторинга и оценки природных ресурсов и окружающей среды, в том числе с использованием данных дистанционного зондирования Земли из космоса;
информационная совместимость элементов Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды на основе стандартизации и унификации программно-технического и нормативно-правового обеспечения ее создания и функционирования;
этапность проектирования и внедрения Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды и ее элементов с целью минимизации затрат, эффективного использования выделяемых ресурсов и оперативного внедрения разработок, включая максимальное использование средств и ресурсов, имеющихся в распоряжении федеральных органов исполнительной власти и субъектов Российской Федерации;
широкое использование новых технических средств и современных высокоэффективных информационных технологий;
активное участие МПР России, его территориальных органов и подведомственных организаций в разработке и внедрении Единой информационно-аналитической системы природопользования и охраны окружающей среды на всех уровнях;
управление информацией о состоянии недр, лесов, водных объектов, окружающей природной среды в соответствии с согласованными регламентами получения, обмена и распространения данных и информационной продукции.