Формы и методы организации управления и контроля за ходом выполнения Программы определяются государственным заказчиком.
Текущее управление реализацией Программы осуществляется дирекцией Программы, созданной государственным заказчиком.
Государственный заказчик вправе передавать на договорной основе участвующим в Программе органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации и дирекции Программы часть своих функций по утверждению проектно-сметной документации, проведению конкурсов по отбору исполнителей программных мероприятий (и заключению с ними государственных контрактов) в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В случае невыполнения органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации своих обязательств по софинансированию программных мероприятий за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов и внебюджетных источников финансирование этих мероприятий за счет средств федерального бюджета может быть приостановлено или прекращено.