НИОКР направлены на научно-техническое обеспечение реализации Программы, усиление роли науки и передовых технологий в экономическом и социальном развитии региона.
Основными направлениями исследований в рамках Программы являются:
оценка перспектив и возможностей для обеспечения эффективного социально-экономического развития юга России;
формирование научно-методической основы развития приоритетных отраслей экономики региона;
обеспечение экологической устойчивости региона;
разработка мер в области энергосбережения и использования возобновляемых источников энергии.
Тематика НИОКР, реализуемых в рамках Программы, определяется ежегодно и включается в план НИОКР Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации.