В своей деятельности РАТС руководствуется документами и решениями, касающимися борьбы с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом, принятыми в рамках ШОС.
РАТС взаимодействует с компетентными органами Сторон, включая обмен информацией, и готовит соответствующие материалы по запросам других органов ШОС.
Порядок создания и функционирования банка данных РАТС, а также вопросы, касающиеся предоставления, обмена, использования и защиты соответствующей информации, регулируются отдельными соглашениями.