Основными задачами и функциями РАТС являются:
1) разработка предложений и рекомендаций о развитии сотрудничества в борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом для соответствующих структур ШОС, а также по просьбе Сторон;
2) содействие компетентным органам Сторон по просьбе одной из Сторон в борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом, в том числе в соответствии с положениями Конвенции;
3) сбор и анализ информации, поступающей в РАТС от Сторон, по вопросам борьбы с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом;
4) формирование банка данных РАТС, в частности, о:
- международных террористических, сепаратистских и иных экстремистских организациях, их структуре, лидерах и участниках, других причастных к ним лицах, а также источниках и каналах их финансирования;
- состоянии, динамике и тенденциях распространения терроризма, сепаратизма и экстремизма, затрагивающих интересы Сторон;
- неправительственных организациях и лицах, оказывающих поддержку терроризму, сепаратизму и экстремизму;
5) предоставление информации по запросам компетентных органов Сторон;
6) содействие в подготовке и проведении антитеррористических командно-штабных и оперативно-тактических учений по просьбе заинтересованных Сторон;
7) содействие в подготовке и проведении оперативно-разыскных и иных мероприятий по борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом по просьбе Сторон;
8) содействие в осуществлении международного розыска лиц, которые предположительно совершили деяния, указанные в пункте 1 статьи 1 Конвенции, с целью их привлечения к уголовной ответственности;
9) участие в подготовке международно-правовых документов, затрагивающих вопросы борьбы с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом;
10) содействие в подготовке специалистов и инструкторов для антитеррористических подразделений;
11) участие в подготовке и проведении научно-практических конференций, семинаров, содействие в обмене опытом по вопросам борьбы с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом;
12) установление и поддержание рабочих контактов с международными организациями, занимающимися вопросами борьбы с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом.