ШОС имеет собственный бюджет, который формируется и исполняется в соответствии со специальным Соглашением между государствами-членами. Это Соглашение также определяет размеры взносов, которые ежегодно вносят государства-члены в бюджет Организации на основе принципа долевого участия.
Средства бюджета направляются на финансирование постоянно действующих органов ШОС в соответствии с вышеупомянутым Соглашением. Государства-члены самостоятельно несут расходы, связанные с участием их представителей и экспертов в мероприятиях Организации.