В новых экономических условиях фармацевтические (аптечные) розничные организации самостоятельно регистрируются как юридические лица с открытием в банке расчетных счетов, составляют бухгалтерские балансы, рассчитываются с государством по налогам. Бухгалтерская отчетность фармацевтических организаций розничного звена (аптек) отличается специфичностью из-за большой номенклатуры и особенностей учета реализуемых по рецептам и без рецептов лекарственных средств и другой медицинской продукции населению, лечебным и профилактическим учреждениям.
При разработке учетной политики фармацевтические розничные организации руководствуются законами Российской Федерации, нормативными актами и методическими указаниями Министерства финансов Российской Федерации, Министерства экономики Российской Федерации, указаниями Государственной налоговой службы, приказами, методическими рекомендациями и указаниями Министерства здравоохранения Российской Федерации. На основе вышеуказанных нормативных актов федеральных ведомств разработаны методические рекомендации учета движения лекарственных средств и других медицинских товаров на основе натуральных измерений в денежном выражении по типовым внутриведомственным формам первичных документов при соблюдении единообразия учета и унификации отчетности в фармацевтических розничных организациях всех форм собственности.
С учетом территориальных особенностей органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации предоставлено право самостоятельно решать организационно-экономические вопросы. В помощь органам управления фармацевтической службы разработаны методические рекомендации по внутриведомственному первичному учету лекарственных средств и других медицинских товаров в розничных фармацевтических организациях, находящихся на территории Российской Федерации.