1. Отдел по борьбе с контрабандой товаров на каналах импорта
2. Отдел по борьбе с контрабандой товаров на каналах экспорта
3. Отдел по борьбе с организованной преступностью и розыска
4. Отдел по борьбе с особо опасными видами контрабанды
5. Отдел по борьбе с контрабандой наркотиков
6. Кинологический отдел
7. Отдел организации и контроля за деятельностью правоохранительных подразделений
8. Оперативно-аналитический отдел (по правоохранительной работе)
9. Отдел сотрудничества с правоохранительными органами зарубежных стран
10. Отдел организации административных расследований
11. Отдел организации дознания
12. Отдел криминалистики
13. Отдел исполнения поручений по уголовным делам и делам об административных правонарушениях
14. Отдел оперативных учетов
15. Оперативно-поисковый отдел
16. Оперативно-технический отдел
17. Учетно-регистрационное отделение
18. Организационно-инспекторский отдел
19. Отдел по взаимодействию со средствами массовой информации
20. Отдел защиты государственной тайны и специальной документальной связи
21. Отдел таможенной охраны
22. Отдел по борьбе с таможенными правонарушениями на морском транспорте
23. Информационно-технический отдел