1. Отделение капитального строительства
2. Отделение эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры
3. Отделение обеспечения вещевым имуществом и печатной продукцией
4. Отделение обеспечения техническими средствами таможенного контроля, связи и вооружения
5. Отделение продовольственного обеспечения
6. Отделение авиационной и морской техники
7. Транспортный отдел
8. Отдел поставок материально-технических ресурсов
9. Отдел хранения материально-технических ресурсов
10. Отделение охраны труда и пожарной безопасности
11. Отдел медицинского обеспечения
12. Отдел капитального строительства, эксплуатации и развития объектов таможенной инфраструктуры
13. Отдел сводного планирования и финансирования
14. Финансово-экономический отдел
15. Информационно-технический отдел
16. Отделение эксплуатации функциональных подсистем и информационного обеспечения
17. Отделение телекоммуникаций и администрирования функциональных подсистем
18. Отделение технических средств таможенного контроля и технических средств охраны
19. Отдел социального развития
20. Отделение организации проведения конкурсных торгов.