1. Оперативно-разыскной отдел
2. Отдел по борьбе с особо опасными видами контрабанды
3. Отдел по борьбе с контрабандой наркотиков
4. Отдел административных расследований
5. Отдел дознания
6. Оперативно-аналитическое отделение (по правоохранительной работе)
7. Оперативно-техническое отделение
8. Учетно-регистрационное отделение
9. Кинологический отдел
10. Оперативно-поисковое отделение
11. Криминалистический отдел (строка дополнительно включена приказом ГТК России от 13 марта 2003 года N 258).