1. Отдел федеральных таможенных доходов и учета денежных средств
2. Отделение контроля за начислением таможенных платежей
3. Отделение контроля за уплатой, перечислением и взысканием таможенных платежей
4. Отделение работы с таможенными брокерами
5. Отдел тарифного и нетарифного регулирования
6. Отдел нетарифного регулирования и экспортного контроля
7. Отделение по контролю за перемещением товаров, содержащих объекты интеллектуальной собственности
8. Отдел товарной номенклатуры и происхождения товаров
9. Отдел контроля таможенной стоимости
10. Отдел валютного контроля
11. Отдел таможенной статистики и анализа
12. Отделение таможенной статистики внешней торговли
13. Отделение специальной таможенной статистики
14. Отдел исполнения постановлений по делам об административных правонарушениях
15. Отделение исполнения постановлений по делам о нарушении таможенных правил
16. Отделение работы с имуществом, обращенным в собственность государства