1. Отдел документационного обеспечения
2. Отделение контроля за исполнением документов
3. Отделение регистрации и учета входящих документов, обращений граждан, внутренних документов
4. Архивное отделение
5. Отделение оперативно-технического обеспечения делопроизводства
6. Отделение регистрации исходящих документов, подготовки и отправки документов
7. Отдел защиты государственной тайны и специальной документальной связи
8. Отдел международного таможенного сотрудничества
9. Отдел обеспечения протокольных мероприятий
10. Отдел по взаимодействию со средствами массовой информации
11. Мобилизационный отдел.
12. Контрольно-ревизионный отдел (строка дополнительно включена приказом ГТК России от 19 августа 2003 года N 903)