1. Правовой отдел
2. Отделение контроля за соблюдением законности в таможенных органах (строка в редакции приказа ГТК России от 5 августа 2003 года N 855 - см. предыдущую редакцию)
3. Отдел документационного обеспечения
4. Архивное отделение
5. Отдел бухгалтерского учета и финансовой экспертизы
6. Финансово-экономическое отделение
7. Отделение бухгалтерского учета и контроля
8. Отделение защиты государственной тайны и специальной документальной связи
9. Отделение защиты государственной тайны
10. Отделение по взаимодействию со средствами массовой информации
11. Отдел собственной безопасности
12. Отдел таможенной инспекции
13. Организационно-аналитический отдел
14. Отделение обеспечения протокольных мероприятий
15. Мобилизационное отделение.