1. Отдел физико-химических и биологических методов экспертизы
2. Отдел комплексных комиссионных экспертиз и технологического взаимодействия с таможенными органами
3. Отдел криминалистических и оценочных экспертиз
4. Экспертно-исследовательский отдел
5. Экспертно-исследовательский отдел товаров неорганического происхождения
6. Экспертно-исследовательский отдел товаров органического происхождения
7. Отдел экспертизы вычислительной техники и радиооборудования
8. Отдел экспертизы технических товаров и транспортных средств
9. Отдел обеспечения эксплуатации химико-аналитического и криминалистического оборудования
10. Отделение приема, учета и хранения проб и образцов
11. Отделение документационного обеспечения.