1. Отдел организации службы таможенной охраны и специальных отрядов быстрого реагирования
2. Отдел таможенной охраны
3. Специальный отряд быстрого реагирования (на правах отдела)
4. Оперативно-боевое отделение
5. Отделение организации оборота оружия и использования технических средств охраны
6. Оперативно-дежурный отдел
7. Отделение организации службы таможенной охраны
8. Отделение организации службы специальных отрядов быстрого реагирования (пункт в редакции приказа ГТК России от 24 февраля 2004 года N 221 - см. предыдущую редакцию)
9. Авиационный отдел
10. Речной отдел
11. Морской отдел
12. Отделение документационного обеспечения.