1. Отдел инспектирования деятельности таможенных органов
2. Аналитический отдел
3. Организационно-структурный отдел
4. Отделение подготовки решений начальника управления
5. Отделение документационного обеспечения
6. Отдел обеспечения деятельности коллегии и Консультативного совета управления
7. Отделение обеспечения деятельности Консультативного совета управления
8. Отделение обеспечения деятельности коллегии управления
9. Отделение по взаимодействию с аппаратом полномочного представителя Президента Российской Федерации.