1. Отдел эксплуатации функциональных подсистем и информационного обеспечения
2. Отделение внедрения и сопровождения программных средств
3. Отделение ведения нормативно-справочной информации
4. Отделение обработки информации
5. Отделение ведения баз данных
Информационно-аналитическое отделение (по информационно-техническим вопросам)
6. Отдел эксплуатации и администрирования локальных вычислительных сетей
7. Отделение эксплуатации локальных вычислительных сетей
8. Отделение администрирования комплексных информационных систем
9. Отдел телекоммуникаций и системотехнического обеспечения средств вычислительной техники
10. Отделение системотехнического обслуживания средств вычислительной техники
11. Отделение приема и обработки электронных сообщений
12. Отделение эксплуатации средств телекоммуникаций
13. Отдел связи
14. Отделение эксплуатации средств связи
15. Отделение организации и развития сетей связи
16. Отделение организации эксплуатации сетей связи
17. Отделение организации конфиденциальной связи
18. Отделение контроля за использованием радиоэлектронных систем и радиочастотного ресурса
19. Отдел технических средств таможенного контроля и технических средств охраны
20. Отделение анализа применения и организации эксплуатации технических средств таможенного контроля и технических средств охраны
21. Отделение технического обслуживания и ремонта технических средств таможенного контроля и технических средств охраны
22. Отдел защиты информации
23. Отдел таможенного контроля за делящимися и радиоактивными материалами
24. Отделение документационного обеспечения.