1. Отдел организации взимания таможенных платежей
2. Отделение контроля применения обеспечения уплаты таможенных платежей
3. Отделение анализа и прогнозирования таможенных платежей
4. Отделение работы с таможенными брокерами
5. Отдел контроля за движением денежных средств
6. Отделение организации работы по погашению задолженностей по уплате таможенных платежей
7. Отделение работы с крупными плательщиками таможенных платежей
8. Отдел валютного контроля
9. Информационно-аналитическое отделение (по валютному контролю)
10. Отделение проверок соблюдения валютного законодательства
11. Отдел нетарифного регулирования и экспортного контроля
12. Отделение по контролю за перемещением товаров, содержащих объекты интеллектуальной собственности
13. Отдел товарной номенклатуры и происхождения товаров
14. Отделение товарной номенклатуры
15. Отделение происхождения товаров
16. Отдел таможенной статистики и анализа
17. Отделение статистики внешней торговли
18. Отделение специальной таможенной статистики
19. Отдел контроля таможенной стоимости
20. Отделение технологии контроля таможенной стоимости
21. Отделение анализа и последующего контроля таможенной стоимости
22. Отделение документационного обеспечения.
23. Отдел исполнения постановлений по делам об административных правонарушениях (строка дополнительно включена приказом ГТК России от 19 августа 2003 года N 903).
24. Отделение исполнения постановлений по делам о нарушении таможенных правил (строка дополнительно включена приказом ГТК России от 19 августа 2003 года N 903).
25. Отделение работы с имуществом, обращенным в собственность государства (строка дополнительно включена приказом ГТК России от 19 августа 2003 года N 903).