1. Служба организации таможенного контроля
2. Служба федеральных таможенных доходов
3. Организационно-инспекторская служба
4. Служба таможенной инспекции
5. Служба собственной безопасности
6. Информационно-техническая служба
7. Правовая служба
8. Кадровая служба
9. Служба силового обеспечения
10. Тыловая служба
11. Финансово-бухгалтерская служба
12. Экспертно-криминалистическая служба.