1. Отдел контроля таможенного оформления
2. Отдел организации таможенного оформления и таможенного контроля
3. Отделение организации таможенного оформления и таможенного контроля в торговом обороте
4. Отделение организации и контроля применения специальных таможенных процедур (пункт в редакции приказа ГТК России от 24 февраля 2004 года N 221 - см. предыдущую редакцию)
5. Отделение разработки перспективных таможенных технологий
6. Отдел организации функционирования пунктов пропуска и взаимодействия с контрольными органами
7. Отдел контроля за таможенным транзитом (пункт в редакции приказа ГТК России от 24 февраля 2004 года N 221 - см. предыдущую редакцию)
8. Отделение МДП
9. Отдел таможенных режимов
10. Отделение таможенных складов
11. Отделение таможенных складов и беспошлинной торговли
12. Отделение временного ввоза и вывоза
13. Отделение временного ввоза и вывоза с применением карнетов АТА
14. Отделение переработки и кооперации
15. Отделение реэкспорта и реимпорта
16. Информационно-аналитическое отделение (по организации таможенного контроля)
17. Отделение документационного обеспечения.