Органами управления реализацией программы являются исполнительная дирекция программы, возглавляемая главой муниципального образования рабочий поселок Кольцово, наблюдательный совет и координационный научно-технический совет, образованный администрацией муниципального образования рабочий поселок Кольцово.
Исполнительная дирекция программы осуществляет руководство реализацией программы и несет ответственность за ее выполнение.
Наблюдательный совет осуществляет контроль за реализацией программы и эффективностью использования средств целевой государственной поддержки.
Положения об исполнительной дирекции программы и наблюдательном совете, а также их состав утверждает администрация Новосибирской области по согласованию с Министерством здравоохранения Российской Федерации по представлению администрации муниципального образования рабочий поселок Кольцово.
Координационный научно-технический совет является совещательным органом, вырабатывающим предложения по приоритетам и направлениям развития научно-технического и образовательного комплексов наукограда Российской Федерации.
Наблюдательный совет ежегодно докладывает Правительству Российской Федерации о результатах реализации программы. Администрация муниципального образования рабочий поселок Кольцово представляет в установленном порядке в Министерство финансов Российской Федерации отчеты об использовании средств, выделяемых из федерального бюджета.