Управление и контроль за реализацией Программы осуществляются государственным заказчиком - координатором Программы Министерством промышленности, науки и технологий Российской Федерации совместно с другими государственными заказчиками Программы.
Программа имеет межотраслевой, межведомственный характер, отвечает интересам развития большинства отраслей народного хозяйства, производящих и потребляющих высокотехнологичную наукоемкую продукцию. В качестве государственных заказчиков по основным программным мероприятиям выступают одиннадцать федеральных органов исполнительной власти. Исполнителями Программы являются научные и научно-производственные организации различной ведомственной принадлежности.
Эти особенности Программы должны быть адекватно учтены при формировании системы управления ее реализацией.
Государственный заказчик-координатор осуществляет общее руководство реализацией Программы, формирует органы управления ее реализацией. Конкретная структура системы управления, задачи и функции входящих в нее органов управления (без образования юридического лица) регламентируются положением о порядке управления реализацией Программы, утверждаемым Министерством промышленности, науки и технологий Российской Федерации по согласованию со всеми государственными заказчиками Программы.
Для планирования работ, определения приоритетных направлений разработок, а также для контроля за их научно-техническим уровнем создается экспертный совет по координации и научному сопровождению Программы, в состав которого включаются ведущие ученые и специалисты страны в области технологического развития, компетентные представители государственных заказчиков, других заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, ведущих предприятий высокотехнологичных отраслей промышленности.
При ведущих научных центрах по каждому технологическому разделу Программы создаются секции экспертного совета, осуществляющие непосредственное научное сопровождение и контроль работ.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов, заключаемых государственными заказчиками с головными исполнителями программных мероприятий.
Головные исполнители программных мероприятий по технологическим направлениям определяются по конкурсу, организуемому государственными заказчиками Программы, из числа ведущих научных организаций соответствующего технологического профиля или временных их объединений (консорциумов) по выполнению программных мероприятий.
Головные исполнители обеспечивают в соответствии с государственным контрактом выполнение технологических проектов, необходимых для реализации программных мероприятий, организуют на контрактно-конкурсной основе необходимую кооперацию соисполнителей.
Разработанные в ходе реализации Программы технологии могут быть переданы исполнителям инвестиционных проектов и программ коммерческого характера в счет вклада государства при формировании общего инвестиционного пакета конкретного проекта.
Министерство промышленности, науки и технологий Российской Федерации совместно с другими государственными заказчиками ежегодно в установленный срок представляет доклады о ходе работ по Программе и эффективности использования бюджетных средств в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации.