Организация управления реализацией подпрограммы и контроль за ходом ее исполнения возлагаются на государственного заказчика подпрограммы.
Органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации ежеквартально представляют государственному заказчику подпрограммы информацию о ходе ее реализации по установленным им формам. Государственный заказчик подпрограммы обобщает эти сведения и ежеквартально представляет сводный отчет о ходе реализации подпрограммы государственному заказчику - координатору федеральной целевой программы "Жилище" на 2002-2010 годы.