Руководящими органами управления программой являются дирекция программы, возглавляемая главой администрации г. Королева, и наблюдательный совет программы, возглавляемый представителем государственного заказчика.
Дирекция программы осуществляет руководство реализацией программы развития наукограда и совместно с государственным заказчиком несет ответственность за ее выполнение.
Наблюдательный совет программы осуществляет контроль за реализацией программы и эффективностью использования средств государственной поддержки программы.
Положения о дирекции программы и наблюдательном совете программы, а также их состав утверждает государственный заказчик программы по представлению администрации г.Королева.
Государственный заказчик ежегодно докладывает о результатах реализации программы в Правительство Российской Федерации. Администрация г.Королева представляет в установленном порядке в Министерство финансов Российской Федерации отчеты об использовании средств, выделяемых из федерального бюджета.